অবিভক্ত বাঙলায় সর্বপ্রথম ১৯০৮ সালে মৎস্য অধিদপ্তর প্রতিষ্ঠিত হয়। ১৯১০ সালে এটি কৃষি অধিদপ্তরের সাথে একীভূত হয়। ১৯১৭ সালে ড. টি সাউথ ওয়েল এর মতামতের ভিত্তিতে মৎস্য অধিদপ্তর পুনরায় স্বাধীনভাবে কাজ শুরু করে এবং ১৯২৩ সালে এটি আবার অবলুপ্ত করা হয়। ১৯৪২ সালে ড. রামস্বামী নাইডুর মতামতের ভিত্তিতে মৎস্য অধিদপ্তরের পুণঃ আবির্ভাব ঘটে। তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানে (বর্তমানে বাংলাদেশ) মৎস্য সম্পদের উৎপাদন বৃদ্ধি, দারিদ্র্য বিমোচন এবং কর্মসংস্থান সৃষ্টির লক্ষ্যে কাজ করতে থাকে। ১৯৭১ সালে বাংলাদেশ স্বাধীনতা লাভের পর ১৯৭৫ এর এপ্রিল মাসে পাকিস্তানের কেন্দ্রীয় মৎস্য অধিদপ্তর মৎস্য অধিদপ্তর বাংলাদেশের সাথে একীভূত হয়। ১৯৮৪ সালে তৎকালীন কেন্দ্রীয় সামুদ্রিক মৎস্য বিভাগ মৎস্য অধিদপ্তরের সাথে সামুদ্রিক মৎস্য বিভাগ হিসেবে অংগীভূত হয়। বর্তমানে মৎস্য অধিদপ্তর মৎস্য ও প্রাণিসম্পদ মন্ত্রণালয়ের নিয়ন্ত্রণাধীন থেকে মৎস্য সম্পদ উন্নয়নের যাবতীয় কর্মকান্ড পরিচালনা করছে। মৎস্য অধিদপ্তরের প্রধান হলেন মহাপরিচালক এবং তাঁকেসকল ক্ষেত্রে ৩ জন পরিচালক এবং ২ জন পরিচালক পর্যায়ের প্রধান বৈজ্ঞানিক কর্মকর্তা সহযোগিতা প্রদান করে থাকেন। বিভাগ, জেলা এবং উপজেলা পর্যায়ে যথাক্রমে বিভাগীয় উপ-পরিচালক, জেলা মৎস্য কর্মকর্তা এবং উপজেলা/ সিনিয়র উপেজলা মৎস্য কর্মকর্তা প্রশাসনিক কাঠামোতে নিয়োজিত আছেন। এছাড়া৩টি বিভাগে মৎস্য পরিদর্শন ও মান নিয়ন্ত্রণ দপ্তর, ১টি সামুদ্রিক মৎস্য দপ্তর, ১০৫ টি মৎস্য বীজ উৎপাদন খামার, ৪টি প্রশিক্ষণ কেন্দ্র, ০১ ডিপ্লোমা ইনস্টিটিউট এবং ০১টি প্রশিক্ষণ একডেমি রয়েছে।
Planning and Implementation: Cabinet Division, A2I, BCC, DoICT and BASIS